Напротив, мечети Калян расположено действующее медресе Мири-Араб. Это одно из наиболее почитаемых духовных исламских учебных заведений на постсоветском пространстве. Оно также построено в период правления Шейбанидов в XVI в. на средства от трофеев, завоеванных племянником Шей- бани-хана Убайдаллах-ханом (ум. 1539). Хан передал их своему наставнику, главе мусульман Бухары Мири-Арабу («Князю арабов»), происходившему родом из Йемена и являвшемуся учеником Ходжи Ахрара. Планировка медресе Мири-Араба традиционна. Четырехайванный двор полуквадратной формы обведен двумя этажами худжр.
В трех углах здания медресе расположены учебные классы. В четвертом — некрополь, где похорены Убайдаллах-хан и его наставник Мири-Араб. Погребение хана с деревянным надгробием находится в ногах у погребения шейха Мири-Араба с надрогробием йеменского стиля. В средней части главного фасада находится портал с полувосьмигранным сводом. За двухъярусными лоджиями фасада размещаются мечеть и гур- хана с куполами на высоких цилиндрических барабанах. В внешнем декоре медресе использованы резные кашинные мозаики с преобладанием растительных орнаментов и сложной вязи почерка сульс.