Современная коллекция музея содержит более 90 000 различных экспонатов. Среди них произведения русского авангарда, картины узбекистанских художников, а также предметы народно-прикладного искусства Каракалпакстана и искусства Древнего Хорезма. В коллекции есть несколько копий экспонатов Лувра.
Специалистами коллекция Государственного музея республики Каракалпакстан имени И. В. Савицкого признается второй в мире по значимости и объему коллекцией произведений русского авангарда после коллекции Русского музея (Санкт-Петербург), а также одной из самых лучших коллекций в Азиатском регионе.

Основатель музея - И.В.Савицкий - впервые попал в Каракалпакию в 1950 году в составе археолого-этнографической экспедиции в качестве художника. С первых дней пребывания здесь зародилась любовь Савицкого к природе края, к народу, к его культуре и истории. Игорь Витальевич, собирая предметы народно-прикладного искусства, замечает, что оно (искусство) на грани гибели. Возникает мысль о создании музея - музея народно-прикладного искусства. Элементы западноевропейского искусства Савицкий наблюдает в каракалпакских орнаментах; « ……Матисс. Это уже есть у меня в вышивках кызыл кимешеков. Врубель…это колорит каракалпакского акбаскура». Игорь Витальевич начинает борьбу за «большое искусство». Наконец, в 1966 году был открыт музей искусств, в котором Савицкий стал директором.

По оценкам специалистов и мировой прессы, коллекция Государственного музея искусств Республики Каракалпакстан им. И. В. Савицкого является одним из лучших художественных собраний в Средней Азии. Ныне музей известен во всем мире. Английская газета «Гардиан» назвала музей «одним из прекраснейших музеев мира» (Amelia Gentleman «Savitsky’s secret Hoard». The Guardian, January 1, 2001). На сегодняшний день коллекция музея насчитывает более 90 тысяч единиц хранения.