Кроме Амира Темура и Мухамад-Султана, в подземном склепе Гур-Эмир находятся погребения еще трех правителей. Это сыновья Темура — Мираншах (1366-1408) и Шахрух (1377-1447) а также его внук Мирзо Улугбек (1396-1449). Мираншах был третьим сыном Темура и уже в 14 лет был поставлен отцом правителем Хорасана с центром в Герате. В 90-е годы XIV в. он получает «трон Хулагу», т. е. становится правителем западных территорий темуридской империи. В 1408 г. Мираншах был убит в сражении с туркменами. Спустя годы его останки были вывезены в Мавераннахр и перезахоронены в Гур-Эмире.

Младший сын Амира Темура Шахрух также начинал с трона правителя Хорасана, а после смерти отца стал главой всей темуридской державы. Мавераннахр он отдал в управление своему сыну Мирзо Улугбеку, который, опираясь на могущество отца, правил регионом в течение сорока лет. Шахрух умер во время военного похода и был похоронен в Герате. Улугбек дважды совершил поход в Хорасан и захватил трон отца в Герате. Тогда же прах Шахруха был перезахоронен в Самарканде. В 1449 г. против Улугбека поднял мятеж его сын Абдуллатиф. Он отстранил Улугбека от власти и организовал его убийство. Вскоре Абдуллатиф был свергнут, а останки Улугбека погребены в Гур-Эмире.